คาล ลินช์ ชายหนุ่มที่ถูกคัดเลือกให้เข้าร่วมโครงการลับขององค์กร Abstergo เพื่อสืบหาความลับของบรรพบุรุษผ่านเทคโนโลยีจำลองความทรงจำทางพันธุกรรม แต่สิ่งที่เขาค้นพบคือตัวตนของนักลับเงาในอดีตที่ถูกสังหารหมู่โดยกลุ่มเทมพลาร์ คาลต้องก้าวข้ามขีดจำกัดของร่างกายและจิตใจเพื่อปลดล็อกทักษะการต่อสู้ของนักลับเงา พร้อมเปิดโปงแผนการอันชั่วร้ายที่อาจเปลี่ยนแปลงอนาคตของมนุษยชาติ การต่อสู้ระหว่างอิสรภาพและการควบคุมกำลังเริ่มต้นขึ้นอีกครั้งในโลกปัจจุบัน
