ในโลกที่องค์กรภราดรภาพนักฆ่าลับต่อสู้กับเทมพลาร์ผู้ทรงอำนาจมานับศตวรรษ คาลลัม ลินช์ ชายที่ถูกประหารชีวิตกลับฟื้นคืนชีพขึ้นมาในยุคปัจจุบันผ่านเทคโนโลยี Animus ที่ทรงพลัง เขาถูกบังคับให้เชื่อมต่อกับความทรงจำของบรรพบุรุษนักฆ่าในยุคสเปนเพื่อตามหาสิ่งประดิษฐ์โบราณที่ซ่อนอยู่ ระหว่างการเดินทางข้ามกาลเวลา คาลลัมต้องเรียนรู้ทักษะการต่อสู้และความลับของนักฆ่าเพื่อหยุดยั้งแผนการของเทมพลาร์ที่คุกคามอนาคตของมนุษยชาติ