คาลัม ลินช์ ถูกประหารชีวิตและฟื้นคืนชีพขึ้นมาในศตวรรษที่ 21 โดยองค์กร Abstergo ผู้สืบทอดของเทมพลาร์ เพื่อใช้ความทรงจำทางพันธุกรรมของบรรพบุรุษนักฆ่าในยุคสเปนอินควิซิชั่นตามหาสิ่งประดิษฐ์ล้ำค่าที่เรียกว่าแอปเปิลแห่งเอเดน เขาต้องร่วมมือกับนักประวัติศาสตร์เพื่อหลบหนีและสืบหาความจริงที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังสงครามระหว่างสองสมาคมลับที่ดำเนินมานานนับพันปี การต่อสู้เพื่ออิสรภาพและอำนาจที่กำหนดชะตากรรมของมนุษยชาติกำลังจะเริ่มต้นขึ้นอีกครั้ง
