เมื่อเจค ซัลลี่และครอบครัวต้องหนีภัยจากมนุษย์ที่กลับมาบุกแพนดอร่าอีกครั้ง พวกเขาจึงต้องออกเดินทางไปยังแนวปะการังอันกว้างใหญ่เพื่อขอความช่วยเหลือจากเผ่าเมทคายน่า ผู้เชี่ยวชาญแห่งท้องทะเล ที่นั่นพวกเขาต้องเรียนรู้วิถีชีวิตใต้น้ำที่แตกต่างและอันตรายรอบด้าน ขณะเดียวกันศัตรูเก่าก็ตามล่าจนถึงทุกซอกทุกมุมของมหาสมุทร การต่อสู้เพื่อปกป้องครอบครัวและบ้านเกิดจึงเริ่มต้นขึ้นในโลกที่ทั้งสวยงามและโหดร้าย
