เมื่อแบทแมนถูกห่อหุ้มด้วยพลังประหลาดจากเครื่องย้อนเวลาของกอริลล่ากร็อด เขาพบว่าตัวเองถูกส่งไปยังญี่ปุ่นในยุคเซ็นโกคุ ที่ซึ่งเหล่าซูเปอร์วายร้ายจากก็อตแธมซิตี้กลายเป็นไดเมียวผู้ครองดินแดน ด้วยพลังนินจาและบาโตแมนที่ถูกดัดแปลงเป็นซามูไรไฮเทค บรูซ เวย์นต้องเรียนรู้วิชานินจาโบราณจากปรมาจารย์ในดินแดนอาทิตย์อุทัยเพื่อหยุดยั้งแผนการของโจ๊กเกอร์ที่ตั้งตนเป็นโชกุน ระหว่างการต่อสู้ที่ดุเดือดบนหลังมังกรและปราสาทลอยฟ้า เขาได้ค้นพบความจริงที่อาจเปลี่ยนชะตากรรมของประวัติศาสตร์ไปตลอดกาล
