เมื่อโคนันและผองเพื่อนโดยสารเครื่องบินโดยสารลำใหญ่ข้ามมหาสมุทรแปซิฟิก กลับพบว่านักธุรกิจชื่อดังถูกสังหารอย่างลึกลับภายในห้องโดยสารชั้นหนึ่ง ท่ามกลางความตื่นตระหนกที่อาจเกิดจากระเบิดซ่อนอยู่ในเครื่อง โคนันต้องใช้ไหวพริบเหนือชั้นไขปริศนาความตายที่เชื่อมโยงกับองค์กรชุดดำ ก่อนที่เครื่องบินจะถึงจุดหมายและทุกคนบนเครื่องจะตกอยู่ในอันตรายถึงชีวิต
