เรือดำน้ำรุ่นใหม่ขององค์กรชุดดำถูกขโมยระหว่างการทดสอบลับใต้ทะเลลึก โคนันต้องร่วมมือกับ FBI และหน่วยสืบราชการลับของญี่ปุ่นเพื่อตามล่าผู้ก่อการร้ายที่วางแผนจี้ระบบอาวุธนิวเคลียร์ในมหาสมุทรแปซิฟิก ขณะเดียวกันไฮบาระและอากาอิชูอิจิถูกหมายหัวเป็นเป้าหมายสังหาร การปะทะกันใต้ทะเลลึกเผยให้เห็นแผนร้ายที่เชื่อมโยงกับอดีตขององค์กรชุดดำและเทคโนโลยีล้ำสมัยที่อาจเปลี่ยนแปลงสมดุลของโลก
