ในปี 2023 โลกต้องเผชิญกับวิกฤตครั้งใหม่เมื่อดิจิมอนปริศนาปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับความสามารถในการย้อนเวลาสู่ความทรงจำอันเจ็บปวดของมนุษย์ทุกคน เด็กที่ถูกเลือกทั้งรุ่นแรกและรุ่นสองต้องร่วมมือกันอีกครั้งเพื่อไขปริศนาที่ซ่อนอยู่ในอดีตของโลกดิจิตอล การเดินทางครั้งนี้จะเผยให้เห็นความจริงเกี่ยวกับจุดเริ่มต้นของพันธสัญญาระหว่างมนุษย์และดิจิมอนที่ไม่มีใครคาดคิดมาก่อน
