ในปี 2065 ดวงวิญญาณปริศนาจากนอกโลกที่เรียกว่า "ฟานทอม" เข้าครอบงำโลก สังหารมนุษย์จนเกือบสูญพันธุ์ ดร.อากิ รอสส์ นักวิทยาศาสตร์สาวค้นพบว่าวิญญาณของเธอเชื่อมโยงกับฟานทอม เธอจึงร่วมมือกับกัปตันเกรย์ เอ็ดเวิร์ดส์ ทหารผู้แข็งแกร่ง เพื่อค้นหาความจริงเบื้องหลังปรากฏการณ์นี้ ขณะที่กองทัพโลกเร่งพัฒนา "ชีลด์" อาวุธสุดท้ายเพื่อกวาดล้างฟานทอม การต่อสู้ครั้งนี้จะเปิดเผยความลับของสิ่งมีชีวิตที่อยู่เหนือความเข้าใจ และชี้ชะตาของมวลมนุษยชาติ
