สองพี่น้องเอ็ดเวิร์ดและอัลฟองส์ เอลริค ฝ่าฝืนกฎข้อห้ามสูงสุดของนักเล่นแร่แปรธาตุเพื่อชุบชีวิตแม่ที่ตายไป แต่พิธีกรรมย้อนกลับ เอ็ดเวิร์ดสูญเสียแขนกับขา ส่วนอัลฟองส์วิญญาณถูกผนึกไว้ในชุดเกราะยักษ์ พวกเขาออกเดินทางตามหาศิลานักปราชญ์เพื่อฟื้นคืนร่างกาย ระหว่างทางต้องเผชิญกับพวกฮอมุนครุสที่วางแผนชั่วร้ายและการสมคบคิดในกองทัพที่อาจเขย่าโลกทั้งใบ
