การเดินทางของสองพี่น้องเอ็ดเวิร์ดและอัลฟองเซ่ เอลริค มาถึงจุดสิ้นสุด เมื่อพวกเขาต้องเผชิญหน้ากับศัตรูที่ทรงพลังที่สุดอย่างบิดาผู้เป็นโฮมุนครุสที่ควบคุมประเทศอเมสทริสไว้เบื้องหลัง เพื่อปกป้องผู้คนและไขปริศนาของศิลานักปราชญ์ เอ็ดเวิร์ดต้องตัดสินใจครั้งสำคัญที่อาจแลกกับพลังการแปรธาตุของตัวเอง ขณะที่อัลฟองเซ่เสี่ยงชีวิตเพื่อตามหาความจริงที่ซ่อนอยู่เบื้องหลังการสร้างชีวิต การต่อสู้ครั้งสุดท้ายนี้จะกำหนดชะตากรรมของทุกคนที่พวกเขารัก
