ในโลกที่นักเล่นแร่แปรธาตุสามารถเปลี่ยนสสารได้ด้วยกฎแห่งการแลกเปลี่ยนที่เท่าเทียม สองพี่น้องเอ็ดเวิร์ดและอัลฟองส์ เอลริค พยายามชุบชีวิตแม่ด้วยวิชาต้องห้าม แต่กลับสูญเสียร่างกาย เอ็ดเวิร์ดเสียแขนกับขา ส่วนอัลฟองส์วิญญาณถูกผนึกไว้ในชุดเกราะยักษ์ พวกเขาออกเดินทางตามหาศิลานักปราชญ์เพื่อฟื้นคืนร่างเดิม ท่ามกลางการต่อสู้กับพวกทหารรัฐบาลและเงามืดของโฮมุนครุสที่ซ่อนความจริงอันน่าสะพรึงกลัว
