เมื่อกฎของเอโดะถูกบิดเบือนโดยองค์กรลึกลับที่หวังจะล้มล้างรัฐบาลโชกุน กินโทกิและแก๊งกินทามะต้องกลับมารวมตัวอีกครั้งเพื่อปกป้องเมืองจากการจลาจลที่กำลังจะเกิดขึ้น การตามล่าหาเบาะแสของ 'กฎที่ถูกทำลาย' นำพวกเขาไปพบกับศัตรูเก่าที่มีพลังเหนือจินตนาการ และต้องใช้ทั้งความบ้าคลั่งและความซื่อสัตย์แบบซามูไรเพื่อโค่นล้มแผนชั่วร้ายนี้