มนุษย์กลุ่มสุดท้ายที่หลบหนีจากก็อตซิลล่ามาตั้งรกรากบนยานอวกาศ ต้องตัดสินใจกลับมายังโลกที่ถูกทำลายล้างเพื่อเริ่มต้นใหม่ แต่เมื่อลงจอดกลับพบว่าสัตว์ประหลาดยักษ์ได้สร้างระบบนิเวศของตัวเองขึ้นมา ท่ามกลางซากเมืองที่กลายเป็นป่าคอนกรีต พวกเขาต้องร่วมมือกับเผ่าพันธุ์ต่างดาวที่เคยเป็นศัตรูเพื่อพัฒนาอาวุธทรงพลัง แต่ยิ่งพวกเขาเข้าใกล้ชัยชนะ ก็ยิ่งต้องเผชิญกับคำถามว่า การฆ่าสัตว์ประหลาดอาจหมายถึงการทำลายโลกใบใหม่นี้ไปด้วย