เมื่อก็อดซิลล่าตื่นขึ้นจากการหลับใหล มนุษยชาติต้องเผชิญหน้ากับสัตว์ประหลาดยักษ์ที่มากับการทำลายล้างครั้งใหญ่ แต่กลับมีองค์กรลับที่เชื่อว่าสัตว์ประหลาดเหล่านี้คือผู้รักษาสมดุลของโลก การต่อสู้เพื่อแย่งชิงอำนาจจึงเริ่มต้นขึ้นระหว่างก็อดซิลล่ากับคู่ปรับเก่าแก่ที่แข็งแกร่งกว่า และมนุษย์ที่ต้องเลือกข้างระหว่างปกป้องโลกหรือปล่อยให้ธรรมชาติจัดการเอง
