มนุษย์กลุ่มรอดชีวิตจากสงครามก็อดซิลล่าได้หลบซ่อนในเมืองร้างที่สร้างโดยเทคโนโลยีชีวภาพของมนุษย์ต่างดาว ฮารูโอะและทีมต้องเผชิญหน้ากับก็อดซิลล่าที่กลายพันธุ์เป็นร่างใหม่สุดแกร่ง ขณะที่พวกเขาค้นพบว่ามนุษย์ต่างดาวมีแผนลับที่จะใช้เมืองเป็นอาวุธปราบมอนสเตอร์ การต่อสู้เพื่อเอาชีวิตรอดจึงต้องเลือกว่าจะเชื่อใจศัตรูหรือเสี่ยงทำลายทุกอย่างทิ้ง