สองมหาเทพแห่งสัตว์ประหลาดโคจรมาเผชิญหน้ากัน เมื่อก็อตซิลล่าผู้พิทักษ์โลกเกิดอาละวาดไร้สติ มนุษย์จึงต้องหันไปพึ่งคองผู้เป็นราชาแห่งเกาะกะโหลกเพื่อหยุดยั้งภัยพิบัติ การปะทะครั้งนี้ไม่ใช่แค่การต่อสู้เพื่อความอยู่รอด แต่เป็นการเปิดโปงความลับที่ซ่อนอยู่ใต้พื้นพิภพที่อาจเปลี่ยนสมดุลของโลกไปตลอดกาล
