ในเมืองก็อตแธมที่เต็มไปด้วยอาชญากรรมและความมืดมิด ฤดูกาลที่สามนี้ เจมส์ กอร์ดอนต้องเผชิญหน้ากับศัตรูเก่าอย่างพิงกวินและนักเลงรายใหม่ที่โหดเหี้ยมยิ่งกว่า ขณะที่บรูซ เวย์นเริ่มสืบหาความจริงเกี่ยวกับการตายของพ่อแม่ เขากลับพบเงื่อนงำที่นำไปสู่การปรากฏตัวขององค์กรลับที่ทรงอำนาจ ในขณะเดียวกัน เมืองก็เผชิญกับภัยพิบัติจากการทดลองทางวิทยาศาสตร์ที่ทำให้ผู้คนกลายเป็นสัตว์ประหลาด ความสัมพันธ์ระหว่างตัวละครถูกทดสอบอย่างหนักเมื่อความลับถูกเปิดเผยและพันธมิตรกลายเป็นศัตรู
