ชายผู้ถูกสร้างขึ้นมาในห้องทดลองให้เป็นนักฆ่าพันธุกรรมที่ไร้ความรู้สึก แต่กลับมีรหัสประจำตัวเพียง 47 เท่านั้นที่บ่งบอกตัวตนของเขา เมื่อเขาถูกตามล่าโดยองค์กรลับที่ต้องการกำจัดเขา 47 ต้องใช้ทักษะการสังหารที่เหนือมนุษย์เพื่อเอาชีวิตรอด และค้นหาความจริงเกี่ยวกับอดีตของตัวเองที่ถูกซ่อนไว้ ในขณะที่ศัตรูรายล้อมและพันธมิตรกลับกลายเป็นปริศนา การเดินทางครั้งนี้จะทำให้เขาต้องเลือกว่าจะเป็นเครื่องมือสังหาร หรือมนุษย์ที่มีหัวใจ
