หลังจากช่วยชาวเกาะมอทูนุยสร้างสมดุลระหว่างมนุษย์กับมหาสมุทร โมอาน่าได้รับสัญญาณจากบรรพบุรุษที่บ่งบอกถึงภัยคุกคามจากใต้ทะเลลึกที่อาจทำลายล้างทุกเกาะในแปซิฟิก เธอต้องออกเดินทางอีกครั้งพร้อมกับเมาอิและทีมนักเดินเรือรุ่นใหม่ เพื่อตามหาหัวใจแห่งท้องทะเลที่ถูกซ่อนไว้ในอาณาจักรเงามืด การผจญภัยครั้งนี้เผยให้เห็นความลับของพลังโบราณที่เชื่อมโยงโชคชะตาของโมอาน่ากับมหาสมุทรอย่างลึกซึ้งกว่าที่เคย