นารูโตะต้องเผชิญหน้ากับปริศนาที่พลิกมิติเมื่อเงาแห่งอดีตของนินจาในตำนานกลับมาสร้างความวุ่นวายในโลกปัจจุบัน เขาและเพื่อนร่วมทีมต้องเดินทางข้ามกาลเวลาเพื่อหยุดยั้งแผนการที่อาจเปลี่ยนแปลงประวัติศาสตร์ทั้งหมด การต่อสู้ที่เต็มไปด้วยเทคนิคสุดแกร่งและมิตรภาพที่ถูกทดสอบจะนำไปสู่การค้นพบความจริงที่ซ่อนอยู่ในเงามืดของโลกนินจา