เมื่อปรสิตจากต่างดาวเริ่มแพร่ระบาดไปทั่วโลก ชินอิจิและมิกิที่อยู่ร่วมร่างกับปรสิตต้องเผชิญกับศัตรูที่ร้ายกาจกว่าเดิม ทั้งมนุษย์ที่หวาดกลัวและปรสิตที่ต้องการครอบครองโลก ภาคนี้พวกเขาต้องตัดสินใจครั้งสำคัญว่าจะอยู่ร่วมกับปรสิตหรือต่อสู้เพื่อปกป้องมนุษยชาติ ขณะที่ความสัมพันธ์ระหว่างมนุษย์และปรสิตเริ่มซับซ้อนขึ้น การต่อสู้ครั้งสุดท้ายกำลังใกล้เข้ามา และไม่มีใครรู้ว่าฝ่ายไหนจะเป็นผู้ชนะ
