เมื่อครอบครัวบราวน์เดินทางไปเปรูเพื่อเยี่ยมบ้านเกิดของแพดดิงตันที่สถานพักพิงหมีในป่าอะเมซอน พวกเขากลับพบว่าสถานที่แห่งนี้กำลังถูกคุกคามโดยนักล่าสัตว์ป่าผู้โหดเหี้ยม แพดดิงตันต้องใช้ไหวพริบและความขยันขันแข็งแบบหมีน้อยนักผจญภัยเพื่อปกป้องเพื่อนหมีและค้นหาสมบัติล้ำค่าที่ซ่อนอยู่ในป่าลึก การเดินทางครั้งนี้พาเขาผ่านน้ำตกมหัศจรรย์และชนเผ่าลึกลับ พร้อมพิสูจน์ว่าครอบครัวคือบ้านที่แท้จริงไม่ว่าจะอยู่ที่ไหน
