ในโลกที่โปเกมอนและมนุษย์อยู่ร่วมกัน ซาตอชิและเพื่อนๆ ได้พบกับรังไหมปริศนาที่ปล่อยพลังทำลายล้างออกมาอย่างต่อเนื่อง ขณะเดียวกันก็มีโปเกมอนลึกลับนามว่าดีแอนซีปรากฏตัวขึ้นพร้อมกับความสามารถในการหยุดยั้งภัยพิบัติ ซาตอชิต้องค้นหาความจริงเกี่ยวกับรังไหมและดีแอนซี ก่อนที่พลังทำลายล้างจะลุกลามจนทำลายทุกสิ่ง การเดินทางครั้งนี้จะนำไปสู่การค้นพบความสัมพันธ์อันน่าทึ่งระหว่างชีวิตและธรรมชาติ
