ในโลกที่มนุษย์และโปเกมอนอยู่ร่วมกันอย่างสงบ เกิดเหตุการณ์ประหลาดเมื่อนครสายน้ำถูกคุกคามโดยโปเกมอนน้ำยักษ์ที่บ้าคลั่ง ซาโตชิ ปิกาจู และเพื่อนๆ ได้พบกับหญิงสาวลึกลับผู้มีความสามารถในการสื่อสารกับโปเกมอนน้ำ ซึ่งอาจเป็นกุญแจสำคัญในการไขความลับของภัยพิบัติครั้งนี้ การเดินทางของพวกเขานำไปสู่การเผชิญหน้ากับเทพพิทักษ์แห่งท้องทะเลที่ทรงพลัง และการต่อสู้เพื่อปกป้องสมดุลของธรรมชาติที่กำลังจะพังทลาย
