อดีตนักสังหารเคนชินต้องเผชิญหน้ากับเงาอดีตอีกครั้ง เมื่อชิชิโอ มาคาโตะผู้บ้าคลั่งตั้งตนเป็นผู้นำกบฏเพื่อโค่นล้มรัฐบาลเมจิ เคนชินถูกท้าทายให้กลับมาใช้ดาบอีกครั้งเพื่อปกป้องผู้บริสุทธิ์ แต่คำสาบานว่าจะไม่ฆ่าอีกต่อไปถูกทดสอบอย่างหนัก เมื่อศัตรูเก่าและพันธมิตรใหม่พากันลุกขึ้นสู้ในสมรภูมิเกียวโตที่ลุกเป็นไฟ
