ศึกครั้งสุดท้ายของเคนชินมาถึงเมื่อชิชิโอ มาโคโตะผู้บ้าคลั่งฟื้นคืนชีพอีกครั้งพร้อมกองกำลังทมิฬที่หมายจะโค่นล้มรัฐบาลเมจิ เคนชินต้องเผชิญหน้ากับอดีตที่เขาพยายามหลบหนีและตัดสินใจใช้ดาบอีกครั้งเพื่อปกป้องผู้บริสุทธิ์ ขณะเดียวกันคาโอรุและผองเพื่อนร่วมทางต้องเสี่ยงชีวิตเพื่อช่วยเหลือเขา การต่อสู้ระหว่างสองซามูไรในตำนานจึงปะทุขึ้นท่ามกลางเปลวเพลิงแห่งโตเกียว
