เมื่อก็อดซิลล่าผงาดขึ้นจากอ่าวโตเกียว รัฐบาลญี่ปุ่นต้องเผชิญกับภัยพิบัติระดับประเทศที่ไม่มีใครคาดคิด สัตว์ประหลาดขนาดมหึมาที่กำลังพัฒนาร่างกายและปล่อยรังสีทำลายล้างอย่างต่อเนื่อง ทีมงานฝ่ายพลเรือนและนักวิทยาศาสตร์ต้องเร่งหาทางหยุดยั้งมันก่อนที่โตเกียวจะถูกทำลายสิ้น ขณะที่การเมืองและระบบราชการชะลอการตัดสินใจทุกครั้ง วิกฤตครั้งนี้กำลังทดสอบขีดจำกัดของมนุษย์ในการเอาชนะธรรมชาติที่โกรธเกรี้ยว
