เมื่อซามูไรหนุ่มนามสเนคอายส์ต้องสูญเสียพ่อไปจากการทรยศ เขาจึงออกตามล้างแค้นและได้พบกับกลุ่ม G.I. Joe ที่ซ่อนตัวอยู่ในเงามืด การฝึกฝนที่โหดร้ายและภารกิจเสี่ยงตายทำให้เขาต้องเลือกระหว่างอดีตที่เจ็บปวดกับอนาคตที่อาจเปลี่ยนแปลงทุกสิ่ง แต่เมื่อศัตรูเก่ากลับมาในคราบของพันธมิตร สเนคอายส์จะต้องเผชิญหน้ากับความจริงที่ว่าความแค้นอาจไม่ใช่คำตอบเดียวสำหรับการแก้แค้น
