ในฤดูกาลที่สองของภารกิจสำรวจอวกาศอันยิ่งใหญ่ กัปตันไมเคิล เบิร์นแฮมและลูกเรือของยานดิสคัฟเวอรีต้องเผชิญกับปริศนาลึกลับเมื่อสัญญาณแสงประหลาดจากจักรวาลคู่ขนานเริ่มปรากฏขึ้นทั่วกาแล็กซี ขณะที่พวกเขาตามหาความจริงเกี่ยวกับสัญญาณเหล่านี้ เบิร์นแฮมได้พบกับสป็อคผู้เป็นพี่ชายต่างสายเลือดที่กำลังสืบสวนเหตุการณ์เดียวกัน การค้นพบครั้งนี้นำไปสู่การเปิดเผยองค์กรลับที่ซ่อนอยู่ภายใต้สหพันธ์ และการต่อสู้เพื่อปกป้องอนาคตของมนุษยชาติจากภัยคุกคามที่ไม่เคยปรากฏมาก่อน
