เมื่อเหล่าเต่านินจาผู้พิทักษ์ใต้ดินต้องเผชิญกับศัตรูตัวฉกาจอย่างชเรดเดอร์ที่กลับมาพร้อมแผนชั่วร้ายครั้งใหญ่ พวกเขาต้องร่วมมือกับเอพริล โอนีล นักข่าวสาวผู้กล้าหาญ และเคซีย์ โจนส์ นักสู้ผู้เดือดดาล เพื่อหยุดยั้งการปลดปล่อยสัตว์ประหลาดจากต่างมิติที่ชเรดเดอร์และครังค์ผู้เป็นนายเหนือมนุษย์ต่างดาววางแผนจะใช้ครองโลก การต่อสู้ครั้งนี้จะทดสอบทั้งความสามัคคีและความแข็งแกร่งของเหล่าเต่าในแบบที่ไม่เคยมีมาก่อน
