โลกที่เครื่องจักรยึดครอง มนุษย์ที่เหลืออยู่ต้องต่อสู้เพื่ออิสรภาพครั้งสุดท้าย เนโอค้นพบว่าการปฏิวัติที่แท้จริงไม่ได้อยู่ที่การทำลายระบบ แต่คือการเปลี่ยนแปลงกฎของความเป็นจริง เขาต้องเผชิญหน้ากับสมิธที่กลายเป็นภัยคุกคามระดับจักรวาล และเลือกเส้นทางที่อาจนำไปสู่การเสียสละสูงสุดเพื่อปลดปล่อยทั้งสองโลกจากสงครามที่ไร้จุดจบ