เมื่อแบทแมนถูกดึงข้ามมิติไปยังญี่ปุ่นยุคเซ็นโงคุที่เต็มไปด้วยเทคโนโลยีล้ำยุค เขาพบว่าตัวเองต้องเผชิญหน้ากับยากูซ่าลีก กลุ่มอาชญากรข้ามกาลเวลาที่ใช้พลังนินจาผสมอาวุธไฮเทคครองเมือง โจ๊กเกอร์และเหล่าวายร้ายคลาสสิกกลายเป็นหัวหน้าแก๊งยากูซ่าที่น่าเกรงขาม แบทแมนต้องร่วมมือกับนินจาในตำนานเพื่อหยุดยั้งแผนล้างโลกที่กำลังจะเกิดขึ้น การต่อสู้ครั้งนี้จะท้าทายทั้งทักษะนักสืบและความสามารถนินจาของเขาอย่างที่ไม่เคยมีมาก่อน
