เมื่อข้อตกลงระหว่างชาติทำให้เหล่าอเวนเจอร์สต้องถูกควบคุมภายใต้อำนาจรัฐบาล สตีฟ โรเจอร์สหรือกัปตันอเมริกากลับไม่เห็นด้วยเพราะกลัวว่าระบบจะบั่นทอนอิสระในการช่วยเหลือผู้บริสุทธิ์ ขณะที่โทนี่ สตาร์กมองว่าการลงนามเป็นทางเลือกที่จำเป็นเพื่อความรับผิดชอบ ความขัดแย้งทางอุดมการณ์นำไปสู่การแตกแยกอย่างรุนแรงในทีมฮีโร่ เมื่อฝ่ายกัปตันอเมริกาต้องปกป้องบัคกี้เพื่อนเก่าที่ถูกกล่าวหาว่าก่อเหตุร้าย ขณะที่ฝ่ายไอรอนแมนตามล่าเพื่อความยุติธรรม การปะทะกันของเพื่อนร่วมทีมที่เคยสนิทกลับกลายเป็นสงครามกลางเมืองที่ไม่มีใครอยากให้เกิดขึ้น