ในโลกที่มนุษย์และสิ่งมีชีวิตดัดแปลงพันธุกรรมอย่าง 'ไคเมร่า' อยู่ร่วมกันอย่างไม่สงบ มินามิ โคทาโร่ ชายหนุ่มผู้ถูกชะตากรรมให้กลายเป็นคาเมนไรเดอร์ แบล็คซัน ต้องต่อสู้กับองค์กรลับที่พยายามใช้ไคเมร่าเป็นอาวุธสงคราม การต่อสู้ของเขาไม่ใช่แค่การปกป้องมนุษย์ แต่ยังเป็นการค้นหาความจริงเกี่ยวกับอดีตที่ถูกปิดบังและการปลดปล่อยเพื่อนร่วมเผ่าพันธุ์ที่ถูกกดขี่ ท่ามกลางความขัดแย้งที่บีบให้เขาต้องเลือกว่าจะยืนอยู่ข้างไหน
