สกูบี้และทีมเพื่อนซี้ต้องร่วมมือกับคริปโต สุนัขสุดแกร่งจากดาวคริปตัน เพื่อตามหาตัวร้ายปริศนาที่ขโมยสัตว์เลี้ยงของชาวเมืองคริปตันซิตี้ไปทั้งหมด ระหว่างการสืบสวนกลับพบว่าเงื่อนงำสำคัญชี้ไปที่แผนชั่วร้ายของเลกซ์ ลูเธอร์และศัตรูเก่าอย่างก็อสต์คลาวน์ที่จับมือกันสร้างหุ่นยนต์ยักษ์สุดอันตราย การผจญภัยครั้งนี้ทั้งป่วนและมันส์ เมื่อสกูบี้กับชากี้ต้องหัดใช้พลังพิเศษของคริปโตให้เป็น ขณะที่เวลลม่าและเฟร็ดก็พยายามถอดรหัสแผนการสุดแสบของเหล่าร้ายที่อาจทำลายทั้งสองโลก
