ในโลกที่องค์กรนินจาลับยังคงดำรงอยู่ภายใต้เงามืดของสังคมยุคใหม่ ชายหนุ่มผู้ไร้ความสามารถอย่าง "คุโรโนะ" ถูกเลือกให้เป็นนินจาระดับล่างสุดขององค์กร "อันเดอร์นินจา" แต่เมื่อศัตรูจากต่างประเทศเริ่มโจมตีเป้าหมายในญี่ปุ่นโดยใช้เทคโนโลยีล้ำสมัย เขากลับต้องเผชิญหน้ากับภารกิจที่เหนือความคาดหมาย การต่อสู้ที่ซ่อนเร้นภายใต้ชีวิตประจำวันธรรมดาๆ จะเผยให้เห็นว่าความเป็นนินจาที่แท้จริงไม่ได้อยู่ที่ทักษะ แต่อยู่ที่จิตใจที่มุ่งมั่น
